למרות קשיי הקליטה בארץ הוא נשאר ומקבל את ההצעה של חיים ויצמן לייסד את האוניברסיטה העברית בירושלים. הוא מגייס כספים רבים להקמתה, מניח את התשתית ללימודי רוח ויהדות, ונלחם על עצמאות המחשבה. מאגנס הי חלק מקבוצת הוגים ואנשי רוח, בניהם גרשום שלום, מרטין בובר ועוד שייסדו את ארגון ברית שלום, שתמך במדינה דו לאומית ובקיום חיים שווינים עם האוכלוסיה הערבית בישראל. הוא ספג ביקורת רבה על כך, אך היה נאמן למשנתו שוחרת השלום.

הוא היה הרב הרפורמי הראשון בישראל שהאמין שלרב תפקיד פוליטי חשוב שיכול להשפיע על כלל ישראל והמרחב הגיאוגרפי וחשב שיש לו כרב, ייחודיות ואמירה בפתרון סכסוך דתי, פוליטי, מדיני וגיאוגרפי.

בנאום לרגל פתיחת שנת הלימודים באוניברסיטה העברית בשנת תרפ"ט – 1929 אמר י"ל מאגנס:

"כמעט אינני צריך להגיד לכם מהו יחסי לבעיה היסודית של החיים המשותפים של שני עמים, ערבים ויהודים, ושל שלוש דתות – היהדות, הנצרות והאסלאם, בארץ הקדושה… דעתי היא שיש צורך למצוא דרכים… לחיים ולעבודה משותפים במובן התרבותי, הכלכלי, החברותי, המדיני ובכל המובנים, לשלום ולהבנה… אחת מחובות התרבות הגדולות ביותר של העם העברי הוא הניסיון להיכנס לארץ המובטחת לא בדרך הכיבוש של יהושע, כי אם בדרכי שלום ותרבות, בעבודה קשה, בקורבנות, באהבה ומתוך החלטה לא לעשות דבר שלא יצדק לפני מצפונו של העולם."

לקרוא עוד על משנתו של הרב מאגנס אפשר בספרו של הרב דוד ברק גרודצקי- ירמיהו בציון.